保护地蔬菜或露地蔬菜，一般都轮作换茬比较困难，土壤中的病菌数量不断增加，加上生产上缺乏对土传病害的抗（耐）性品种，土传病害的发生日趋严重，在一些地方已成为制约蔬菜优质高产的明显障碍因素。尤其是番茄青枯病、黄萎病、枯萎病、褐色根腐病、溃疡病、辣椒立枯病、炭疽病、锈病、灰霉病、莴苣菌核病、细菌性角斑病、叶霉病、晚疫病等都是主要的土传病害。土传病害的发生与温度、湿度、光照等气候条件及耕作措施关系密切，温度适宜，尤以在棚室内病菌可安全越冬，并能周年发生。在干燥的土壤中丝核菌和镰刀菌可大发生；土壤湿润有利于细菌生长，从而抑制病原真菌生长，土壤淹水可抑制土传真菌性病害。连作使病害发生严重，尤其是茄科蔬菜连作，会导致疫病、青枯病等严重危害，如茄子连作2年以上死苗率可达30%-50%，西瓜连作枯萎病发生严重。保护地蔬菜连作，一方面会造成地力消耗过大，影响蔬菜生长发育，抗病能力下降；另一方面会使病菌连年繁殖，在土壤中大量积累，诱发多种病害大量发生。研究表明，保护地栽培蔬菜因大量施用化肥也会加重土传病害的发生和危害。
　　防治土传病害，应采取农业防治、生物防治、物理防治和化学防治相结合的办法。其具体措施有：
　　一、农业防治
　　1.实行轮作。这是防治土传病害经济有效的措施，合理实行作物间的轮作，特别是水旱轮作，对预防土传病害，可收到事半功倍的效果。因为轮作能使有寄主专化性的病原菌得不到适宜生长和繁殖的寄主，减少致病菌的数量，同时还可调节地力，提高肥力，改善土壤理化性状，提高植株的抗病能力。轮作年限应依病原菌在土壤中的存活期而定，如瓜类枯萎病病菌可在土壤中存活8年左右，应与非瓜类作物轮作6-7年。
　　2.选用抗（耐）性良种。选用抗病耐热的抗性强的品种，可以大大减轻土传病害的危害，是防治蔬菜土传病害最经济有效的措施。
　　3.改进栽培方法。土传病害可以通过改变栽培方法来达到防病的目的。如采用深沟高厢栽培，小水勤浇，避免大水漫灌等；合理密植，改善作物的通风透光条件，以降低地面及棚室保护地的湿度，有利于控制或减少发病；清洁田园，拔除病株，并在病穴内撒施石灰消毒灭菌，对易感根系病害的蔬菜还要清除残根等；避免偏施氮肥，适当增施磷钾肥。提高作物的抗病性，在作物生长的中后期结合施药，喷施叶面肥2-3次，有利于提高抗病性。
　　4.换土。对一些比较固定、品种选择余地小而且投资大、效益高的蔬菜设施栽培，如日光温室可用去老土换新土的办法控制土传病害。一般将菜地耕层的表土全部铲除移出，用比较清洁的无毒表土来填补。
　　5.嫁接。针对某些危害严重的土传病害，采用高抗或免疫的砧木嫁接，可控制土传病害的危害。如利用黑籽南瓜对枯萎病免疫的特性，用黑籽南瓜作砧木嫁接黄瓜，可从根本上彻底解决黄瓜枯萎病的为害。
　　二、物理及生物防治
　　夏季棚室休闲时密闭温室，利用夏日高温，杀死病原菌。或在夏季休闲之机，将土壤翻耕或灌水，用透明塑料膜盖严、曝晒，使土温达到50℃以上，并维持5天以上，然后揭膜通风使用。蒸汽消毒是预防各种土传病害，尤其是对青枯病的防治效果好。将蒸汽通入埋在土中的管道中，使30厘米深的土壤温度保持在82℃处理30分钟。处理时土表要覆盖严密，四周压实，防止蒸汽跑掉，以杀灭多种病原真菌和细菌。采用苯霉菌等生物制剂，用于防治土传病害效果好。目前，中国科学家已经利用生物有机肥控制土传病害，取得了可喜成果，利用研发出的8套适合禽粪便、食用菌下脚料、醋槽、酒精、中药渣等农业固体有机废弃物的快速堆肥技术，研制成功了14个抗黄瓜枯萎病、西瓜枯萎病、番茄青枯病、辣椒疫病、茄子青枯病、马铃薯青枯病等土传病害的有机肥新品种，使用后显著提高了土壤有机质含量和改善土壤的生物活动，防治土传病害效果很好。
　　三、化学防治
　　1.大田土壤杀菌。可用福尔马林，即在土壤翻耕后，每平方米喷洒100倍的福尔马林液15公斤，并用塑膜覆盖，5-7天后揭膜并翻土1-2次，2周后即可栽培蔬菜；药土消毒。即每平方米用40%多菌灵或50%托布津可湿性粉剂或40%五氯硝基苯8克，兑水2-3公斤，拌细土5-6公斤均匀撒到土里；石灰消毒，即酸性土壤结合深耕晒垡，每亩撒施石灰50-100公斤。
　　2.苗床土壤的消毒。为培育壮秧，可选用50%托布津或40%多菌灵可湿性粉剂10克，拌细土12-15公斤，均匀撒于床面；或每平方米用甲基硫菌灵10克，拌细土12-15公斤，拌匀后做成药土苗床消毒；或用必速灭颗粒剂。先将土块打碎均匀摊平 ，每平方米苗床用棉隆颗粒剂60克均匀混合后再摊平，覆膜密封防止透气，3周后揭膜播种。
　　3.土壤消毒。根部消毒，即在生长过程中用50%多菌灵500倍液灌根，或用92%噁霉灵2500-3000倍液灌根，每株用药液200毫升；病株消毒，即拔除病株后向穴内撒施石灰或草木灰。或选用上述药土或药液消毒，控制蔓延；定植穴消毒，可用70%甲基托布津配成1：50药土，每穴施少许，可有效防治蔬菜的根腐病，防治该病，还可用60%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或50%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，1：1：240波尔多液喷雾，每隔7-10天用药1次，连续2-3次。防治细菌性病害如青枯病、软腐病等可选用88%水合霉素1000倍液、72%农用链霉素3000-5000倍液淋浇土壤。